Package Information

SeuratDisk-package

SeuratDisk: Interfaces for HDF5-Based Single Cell File Formats

scdisk-class

A disk-based object for single-cell analysis

h5Seurat

AppendData()

Append data from an h5Seurat file to a preexisting Seurat object

LoadH5Seurat() as.Seurat(<h5Seurat>)

Load a saved Seurat object from an h5Seurat file

SaveH5Seurat() as.h5Seurat()

Save a Seurat object to an h5Seurat file

Cells(<h5Seurat>) DefaultAssay(<h5Seurat>) `DefaultAssay<-`(<h5Seurat>) Idents(<h5Seurat>) IsGlobal(<H5Group>) Key(<H5Group>) Project(<h5Seurat>) `Project<-`(<h5Seurat>) Stdev(<h5Seurat>)

Seurat bindings for h5Seurat files

h5Seurat-class

A class for connections to h5Seurat files

Interoperability

Connect()

Connect to a single-cell HDF5 dataset

Convert()

Convert an on-disk single-cell dataset to another format

GetSCDisk() RegisterSCDisk()

Get and Register scdisk Subclasses

Utility Functions

as.array(<H5D>) as.data.frame(<H5D>) as.data.frame(<H5Group>) as.factor(<H5Group>) as.list(<H5Group>) as.logical(<H5D>) as.matrix(<H5D>) as.matrix(<H5Group>) as.sparse(<H5Group>) dimnames(<H5D>)

Load data from an HDF5 File

Transpose()

Transpose a matrix

WriteH5Group()

Write data to an HDF5 group